Các khu định cư ở gần khu vực Bắc Kinh ngày nay có đã được hình thành khoảng năm 3000 trước Công nguyên. Vị trí của các khu vực định cư này ở mạn phía Bắc của Bình nguyên Hoa Bắc, là một nơi giao điểm quan trọng về địa lý và chính trị của các cộng đồng cư dân người Hán các phía Nam và Tây và đối với các nhóm dân du mục ở phía Bắc và Đông Bắc.
Nhà Chu(1045 ? – 256 trước Công nguyên) đã xây dựng một thành lũy ở đây tên gọi ban đầu là Kế. Đến thời Xuân Thu, Chiến Quốc đổi thành Yên Đô. Thời Hán gọi là U Châu. Vào thế kỷ thứ 10, những người Khiết Đantừ Đông Bắc đã chiếm phần phía Bắc của Trung Hoa và thành lập nhà Liêuđã đặt kinh đô phía Nam của họ tại đây và đổi thành Bồi Đô(Kinh đô phụ) và gọi là Yên Kinh. Đến thời nhà Kim, năm 1153Hải lăng vương Hoàn Nhan Lượngcho dời đô từ Hội Ninhphủ về đây, đặt tên là Trung đô.
Khi quân Mông Cổthôn tính Trung Hoa vào thế kỷ 13 và thiết lập nên nhà Nguyên, Hốt-tất-liệtHãn đã quyết định lập kinh đô tại Bắc Kinh năm 1272 và lần đầu tiên, kinh đô mới được đặt tên là Khanbalik(Đại đô), đã trở thành một kinh đô hành chính và chính trị cho toàn Trung Hoa. Ðại Ðô không chỉ là trung tâm chính trị của cả nước mà đã thực sự trở thành một trong những trung tâm kinh tế nổi tiếng nhất thế giới.
Năm 1368, Chu Nguyên Chươngđã thiết lập nên nhà Minhvà chọn Nam Kinhlàm kinh đô. Ông đã ngay lập tức tàn phá kinh đô của nhà Nguyên và đổi tên thành phố là Bắc Bình(phía Bắc bình yên). Sau cái chết của Chu Nguyên Chương năm 1398, một cuộc tranh giành ngôi giữa cháu nội Chu Nguyên Chương (là con trai của con trai cả Chu đã mất) - người được truyền ngôi và con trai thứ hai của Chu Nguyên Chương - người đã giành được ngôi báu và lên ngôi hoàng đế và chuyển kinh đô nhà Minh đến Bắc Bình năm 1420 và đổi tên thành này thành Bắc Kinh. Thành phố đã phát triển với những bố cục cơ bản như ngày nay đã được thực hiện vào thời đó. Tổng kiến trúc sư Nguyễn Anđã chỉ huy lực lượng cả triệu nhân công thực hiện công trình xây cất suốt 17 năm.
Thời nhà Thanh (1644-1911) đã cho xây thêm nhiều đền đài, công trình. Sau khi nhà Thanhbị lật đổ và Trung Hoa Dân Quốcđược thành lập năm 1911, Bắc Kinh vẫn là trung tâm chính trị của Trung Quốc cho đến năm 1911. Quốc Dân Đảng do Tưởng Giới Thạchđứng đầu đã dời thủ đô đến Nam Kinh và đổi tên Bắc Kinh thành Bắc Bình. Trong Đệ nhị thế chiến, thành phố đã bị quân Nhật Bảnchiếm đóng từ năm 1937 đến 1945 nhưng không bị phá hoại nhiều. Sau khi phe cộng sản của Mao Trạch Đônglên nắm quyền năm 1949, thành phố được đổi tên thành Bắc Kinh và được chọn làm thủ đô của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoamới thành lập.
Năm 2001, Ủy ban Olympic Quốc tếđã chọn Bắc Kinh làm nơi tổ chức Thế vận hộimùa Hè 2008.
